H2O全集讲述了由于曾经亲眼目睹母亲死去而伤心过度的少年弘濑琢磨，最近转学来到了母亲的故乡——位于美丽大自然之中的泽衣村疗养身体。
他的眼睛不知什么原因而失明了，尽管医生诊断后发现并不存在任何病状和物理性的损伤，可琢磨只能生活在黑暗中，无法再体会到“看
见”的乐趣。来到了泽衣村之后，琢磨陆续认识了三个性格各异的可爱少女，这其中有始终回避与他人接触的同学小日向速美(也有译为速水、早美的)，有乐于助人却有些冒失的班长神乐日向（也译作神乐雏田），还有自称是“时之音的精灵”的开朗活泼的神秘少女音羽。
奇怪的是，这个村子里似乎一直流传着一个不为外人所知的习俗，小日向一家常年要面对村人的歧视和欺负，为此琢磨试图想接近小日向，温暖她受伤的心，并希望能改变村人对她家的偏见。而在体验着一次次新奇遭遇的过程中，琢磨努力让自己慢慢融入新的学校环境，却发现在这个小小的学校圈子里，竟隐藏着他一直不知道的重大秘密……
