在此系列中，小智和无印篇的女同伴小霞分别，并和从橙华市出发的新手训练家小遥一同旅行。小遥本来只愿意旅行，但得知神奇宝贝华丽大赛后，就决定成为协调训练家。 两人都为了达成各自的目标，与神奇宝贝一同奋斗。神奇宝贝 神奇宝贝小遥的弟弟--小胜也跟着他们旅行，还带着神奇宝贝领航员。不过，因为小胜年龄不足，所以没有神奇宝贝。小智的顾问，也就是上一部的另一位主角，小刚也在此系列的开端回来。神奇宝贝 神奇宝贝小智与小刚都以新装登场，小智没有戴着旧帽子，且穿着完全不同的新行装，并且小霞在超世代中客串时，也穿着新装。神奇宝贝合体 神奇宝贝合体超世代系列的程式与无印篇分别比较大。在关都与城都地方，小智有遇见又收服到那地区的三只初学者神奇宝贝。但在此系列中，小智收服到的初学者神奇宝贝只有木守宫。加之和橘子群岛与城都地方不似，小智把他所收服的神奇宝贝留在大木博士的研究所，只打算带着皮卡丘。另外，在这系列，小智也没有主要的劲敌。
